Günter Mager erlebte seine Kindheit in einem von den Nazis verfolgten und sozialdemokratisch orientierten Elternhaus, das ihn weltanschaulich prägte und ihn zum Gegner faschistischen Handeln und Denkens macht. 

Er studierte Geschichte und promovierte an der Martin-Luther-Universität Halle und lehrte u.a. als Dozent an einer Fachschule.